Die Medigene AG präsentierte das Webtool Expitope 3.0 auf der 20. Jahrestagung der Gesellschaft für Krebsimmuntherapie (CIMT), die vom 3. bis 5. Mai 2023 in Mainz stattfindet. Das Expitope Webtool ist das Ergebnis einer langjährigen Zusammenarbeit zwischen der Medigene Immunotherapies GmbH und Prof. Mitrij Frishman von der Fakultät für Bioinformatik und seinem Forschungsteam an der Technischen Universität München. Im Rahmen dieser Zusammenarbeit wird das umfassende akademische Fachwissen im Bereich der Bioinformatik für die In-Silico-Bewertung potenzieller Zielantigene für T-Zell-Rezeptor-gesteuerte T-Zell-Therapien (TCR-T) zur Behandlung von soliden Krebserkrankungen eingesetzt.

Das Webtool, das jetzt mit künstlicher Intelligenz gekoppelt ist, schöpft aus den umfangreichen und ständig wachsenden Daten über das menschliche Genom und Proteom verschiedener Tumore und gesunder Gewebe. Dieses Webtool ermöglicht es Medigene, modernste In-Silico-Technologien einzusetzen, um ausgewählte Proteine und damit verbundene Peptidepitope als geeignete Ziele für den Einsatz in TCR-T-Therapien für ausgewählte Krebsindikationen effizient zu untersuchen. Das Poster und der Vortrag mit dem Titel "Expitope 3.0 - An Advanced in silico Web tool Empowered with Machine Learning for Enhanced pHLA Epitope Prediction and Safety Assessment" (Expitope 3.0 - Ein fortschrittliches in silico Web-Tool mit maschinellem Lernen für eine verbesserte Vorhersage von pHLA-Epitopen und Sicherheitsbewertung) wird die neueste, öffentlich verfügbare Version von Expitope 3.0 vorstellen, ein schnelleres und vollständig überarbeitetes Web-Tool, das im Mai/Juni 2023 auf den Markt kommen wird, um die Ziel-Peptid-HLA-Epitope (pHLA) in Antigenen zu identifizieren.

Der Vergleich der Expression von pHLA-Epitopen in verschiedenen gesunden Geweben ermöglicht die Vorhersage potenzieller Kreuzreaktivität und Off-Target-Toxizität, wodurch Sicherheitsrisiken minimiert werden. Benutzer von Expitope 3.0 können pHLA-Epitope identifizieren, die für die TCR-Isolierung und die Vorhersage der pHLA-Bindungsaffinitäten geeignet sein könnten, sowie verwandte Epitope mit bis zu 50% Mismatch für die Sicherheitsbewertung durch die Bewertung ihrer Expressionsmuster in gesundem Gewebe. Expitope 3. 0 verfügt über eine aktualisierte Datenbank, die zusätzlich nach einzigartigen Sequenzen auf Peptidom-/Transkriptomebene sucht und damit die Anzahl der untersuchten Epitope vergrößert.

Das Webtool nutzt maschinelles Lernen, um die Vorhersage der pHLA-Epitopbindung zu verbessern. Eine verbesserte Epitopvorhersagefunktion bietet eine höhere Genauigkeit bei der Bestimmung der proteasomalen/immunoproteasomalen Spaltung und Präsentation von Epitopen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass Expitope 3.0 eine schnellere Analyse mit einer breiteren Suche in Datenbanken und eine höhere Vorhersagegenauigkeit von pHLA-Epitopen in Antigenen ermöglicht.

Seine verbesserten Funktionen und Möglichkeiten machen es zu einem wertvollen Werkzeug für Forscher und Kliniker, die daran arbeiten, potenzielle Ziele für T-Zell-Therapien zu identifizieren und gleichzeitig die Sicherheitsrisiken zu minimieren. Expitope 3.0 ist jetzt durch die gemeinsame Zusammenarbeit des Unternehmens mit Prof. Frishman und seinem Forschungsteam verfügbar, so dass das Unternehmen dieses schnellere und vollständig überarbeitete Webtool einsetzen kann, das Informationen in stark erweiterter Form enthält, die es nicht nur ermöglichen, nach einzigartigen Sequenzen als potenzielle Ziele für T-Zell-Therapien zu suchen, sondern auch die Eigenschaften von Peptidinteraktionen mit HLA-Molekülen und deren Sicherheitsprofile in gesundem Gewebe vorherzusagen. Die Verwendung dieses fortschrittlichen Tools verbessert das Verständnis des Sicherheitsprofils, das für die Entwicklung von hochdifferenzierten TCR-T-Therapien erforderlich ist, die den ungedeckten Bedarf von Patienten mit verschiedenen soliden Tumoren decken können.