MGI Tech Co., Ltd. kündigte auf der diesjährigen International Plant and Animal Genome Conference Asia (PAG Asia 2024), die vom 5. bis 7. Juni in Shenzhen, China, stattfand, eine hocheffiziente Workflow-Lösung für die groß angelegte Low-Pass-Ganzgenomsequenzierung (Low-Pass WGS) in der Landwirtschaft an, die auf den eigenen DNBSEQ? Die neue Lösung besteht aus einem automatisierten Produktportfolio, das für die Genotypisierung von landwirtschaftlichen diploiden Arten in großem Maßstab in der molekularen Züchtung entwickelt wurde.

Der vollständige Arbeitsablauf umfasst Extraktion, Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierung und SNP- und InDel-Calling. Das neue MGIEasy Large-scale PCR-Free FS Library Prep Set for Low-pass WGS, das in zwei Spezifikationen, 96RXN und 384RXN, erhältlich ist, wurde speziell für Low-pass WGS-Anwendungen mit einem neuen plattenbasierten Bibliotheksvorbereitungsreagenzmodul entwickelt. Im Vergleich zu den üblichen PCR-freien Bibliotheksvorbereitungssets auf dem Markt verkürzt dieses Kit den Reinigungsschritt und schließt den Bibliotheksaufbau in drei einfachen Schritten ab, was den Zeit- und Verbrauchsmaterialbedarf reduziert.

In Kombination mit den fortschrittlichen Automatisierungsplattformen von MGI durchbricht die Low-pass WGS-Lösung die Grenzen des Durchsatzes, die bei der herkömmlichen Bibliotheksvorbereitung bestehen. Sie nutzt die geringere Anzahl von automatisierten Werkzeugen, um einen ultrahohen Durchsatz zu erreichen und gleichzeitig einen hohen Automatisierungsgrad beizubehalten. Dadurch kann die Vorbereitung großer Bibliotheken in kurzer Zeit, zu geringen Kosten und mit hoher Automatisierungsfreundlichkeit durchgeführt werden.

Für die Sequenzierung bieten die Produktpakete für Low-Pass WGS mit hohem und mittlerem Durchsatz den DNBSEQ-T7 Sequenzer mit ultrahohem Durchsatz bzw. den vielseitigen DNBSEQ-G400 Benchtop-Sequenzer, mit dem groß angelegte landwirtschaftliche Genomforschungsprojekte in kürzester Zeit durchgeführt werden können. Der erste freigegebene Arbeitsablauf umfasst ein Schweine-Referenzpanel und eine Datenanalysesoftware, die auf GLIMPSE2 basiert, so dass Benutzer die Genotypisierung von Schweinen durchführen können, ohne eine eigene Datenbank erstellen zu müssen. Ein kostenloser Service zur Formatkonvertierung steht Anwendern mit einem bestehenden Referenzpanel ebenfalls zur Verfügung, um es mit der Analysesoftware kompatibel zu machen.

Unterstützt durch die leistungsstarken Instrumente von MGI hat diese landwirtschaftliche Low-Pass-WGS-Lösung einen täglichen Durchsatz von 96 bis 1.536 Proben und einen jährlichen Durchsatz von 24.000 bis 384.000 Proben (basierend auf der 1,0-fachen Tiefe eines Schweinegenoms und einem durchschnittlichen Probendatenoutput von 3 G). Es hat auch hochpräzise SNP-Ergebnisse von 0,5~1X Low-pass in Gewebeproben von Schweineohren erhalten und dabei eine Konsistenz von 98,4% mit dem SNP-Array und 98,1% mit 50X WGS nachgewiesen. Zusammen mit dem von MGI selbst entwickelten MegaBOLT Bioinformatik-Analysebeschleuniger können täglich 192 Schweineproben mit 1,0X analysiert werden, mit ZBOLT Pro sind es etwa 1.536 pro Tag.

Im Vergleich zur traditionellen Genotypisierung mittels Microarray bietet die neue Lösung von MGI genomweite Daten zu den gleichen Kosten, erfasst aber eine breitere Palette genetischer Variationen, verbessert die Entdeckung neuer Varianten und erhöht die statistische Aussagekraft genomweiter Studien, während gleichzeitig die mit Microarrays verbundenen hohen Design- und Anlaufkosten entfallen. Die dynamischen Funktionen dieser Lösung ermöglichen kontinuierliche Aktualisierungen und Optimierungen bei genomischen Analysen. Das Low-pass WGS Produkt und der Arbeitsablauf können ab dem 30. Juni bestellt werden.