Bruker Corporation hat Fortschritte in der Immunopeptidomik, Glykoproteomik und anderen CCS-fähigen 4D-Proteomik-Workflows bekannt gegeben. Die rasanten Fortschritte in den Bereichen tiefe Proteomik, Glykomik und Peptidomik ergänzen andere leistungsfähige Life-Science-Tools von Bruker für das postgenomische Zeitalter. Gemeinsam ermöglichen sie die postgenomische molekular- und zellbiologische Forschung mit wichtigen Erkenntnissen über die Biologie von Krankheiten und Biomarkern für die molekulare Diagnostik der nächsten Generation und die Arzneimittelforschung.

Zu den Fortschritten, die auf der US HUPO vorgestellt werden, gehören eine verbesserte De-novo-Sequenzierung mit maschinellem Lernen (Novor V2.0), eine neuartige Hochleistungs-Monitoring-Software für digitale Zwillinge (TwinScape), die neue Glyco-PASEF-Methode für die hochempfindliche Glykopeptid-Analyse und der Zugang zu Spectronaut 18 für Benutzer von BrukerProteoScape, einer GPU-gestützten Software für die 4D-Proteomik in Echtzeit, die jetzt auch Zugang zu bibliotheksfreien Suchen von Biognosys directDIA bietet. A. Fortschrittliche Krebsimmuntherapie-Forschung: Bruker erweitert seine timsTOF HT und timsTOF Ultra Systeme mit der neuen Software Novor v2.0 für die de novo immunopeptidomische Profilerstellung. Novor v2.0, das in Zusammenarbeit mit Rapid Novor Inc. entwickelt wurde, wurde auf >1.400.000 Spektren trainiert, die >150.000 HLA-Peptiden für die Forschung an kleinen Mengen von Patientenmaterial aus Feinnadelbiopsien zugeordnet wurden.

B. Peak timsTOF Leistung mit TwinScape: TwinScape ist ein neues digitales Twin-Leistungsüberwachungs- und Qualitätskontrollsystem, das iRT-Peptidstandards nutzt, um eine anhaltende Spitzenleistung bei der Probenvorbereitung und LC-MS zu unterstützen. Für synergistische Multi-omics-Studien in der post-genomischen Ära ist eine Kombination aus Tiefe der Abdeckung, Robustheit und skalierbarer Quantifizierung erforderlich. TwinScape ermöglicht größere kontrollierte Studien und eine valide laborübergreifende Vergleichbarkeit. C. Neues glyco-PASEF für hochempfindliche 4D-Glykopeptid-Analyse: Bruker präsentiert die neuartige timsTOF-Glyco-PASEF-Methode mit Polygon-Filterung, die zusammen mit der Heck-Gruppe an der Universität Utrecht entwickelt wurde, die GlycoScape-Software, die in Zusammenarbeit mit der Van Gool-Gruppe an der Radboud-Universität entwickelt wurde, und die MSFragger-Glyco-Software, die von der Nesvizhskii-Gruppe an der Universität Michigan entwickelt wurde.

D. Software-Fortschritte für dia-PASEF: Die neueste Version von Bruker ProteoScape stellt ein Spectronaut 18-Modul für die dia-PASEF-Analyse zur Verfügung, das Echtzeit-Ergebnisse unter Verwendung von GPU-Computing ermöglicht, einschließlich directDIA für bibliotheksfreie Suchen. Bruker ProteoScape aktualisiert jetzt auch die TIMS DIA-NN Software auf Version 3.0 mit verbesserter Quantifizierungsgenauigkeit.