PacBio und Google arbeiten zusammen, um maschinelles Lernen zur Optimierung der Analyse von Long-Read-Sequenzierungsdaten einzusetzen
Am 11. Januar 2022 um 13:05 Uhr
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PacBio hat eine Forschungskooperation mit Google angekündigt. Im Rahmen der Zusammenarbeit wird PacBio den Einsatz von Googles Tools für die Genomanalyse, das maschinelle Lernen und die Entwicklung von Algorithmen erforschen, um PacBios bereits hochpräzise Varianten-Calls für HiFi-Sequenzierungsläufe weiter zu verbessern und mehr Erkenntnisse aus PacBio-Sequenzierungsdaten zu gewinnen. Die Zusammenarbeit stützt sich auf frühere Forschungsarbeiten von PacBio und Google. Eine kürzlich auf bioRxiv erschienene Publikation über diese Arbeit, Deep Consensus: Gap-Aware Sequence Transformers for Sequence Correction" (Lückenbewusste Sequenztransformatoren für die Sequenzkorrektur) ergab Verbesserungen bei der Variantenerkennung und deutet darauf hin, dass Googles DeepConsensus-Tool für maschinelles Lernen in der Lage ist, die Ausbeute von 99,9 % genauen HiFi-Reads um weitere 27 % pro Gerätelauf zu erhöhen. PacBio hofft, durch die Integration von Googles Deep-Learning-Technologie in seine zukünftigen Produktversionen den Nutzen und den Gesamtwert von HiFi-Daten speziell für Anwendungen wie Whole Genome Sequencing (WGS), Full-Length Isoform und gezielte Sequenzierungsanwendungen zu verbessern.
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