Mapisa-Nqakulas Haus wurde im vergangenen Monat im Rahmen der Korruptionsermittlungen von Ermittlern durchsucht, die keine Einzelheiten zu den Ermittlungen oder den Vorwürfen bekannt gaben.
"Mein Rücktritt ist in keiner Weise ein Hinweis oder ein Schuldeingeständnis bezüglich der gegen mich erhobenen Vorwürfe", sagte sie in einer Erklärung.
Mit dem Rücktritt, der mit sofortiger Wirkung erfolgt, scheidet sie auch als Parlamentsmitglied aus.
Mapisa-Nqakula war von 2012 bis 2021 Verteidigungsministerin. Südafrikas staatlicher Sender SABC berichtete, dass sie verdächtigt wird, Millionen von Rand in bar als Bestechungsgelder von einem ehemaligen militärischen Auftragnehmer erhalten zu haben.
Mapisa-Nqakula nahm nach der Razzia Sonderurlaub und verlor am Dienstag vor Gericht einen Versuch, die Behörden daran zu hindern, sie zu verhaften.
Sie ist noch keiner Straftat angeklagt und die Polizei hat noch keine offizielle Ankündigung über ihre mögliche Verhaftung gemacht.
