Bionano Genomics, Inc. gab die Einführung mehrerer neuer Produkte und Weiterentwicklungen für seinen optischen Genomkartierungs-Workflow bekannt, die eine höhere Robustheit bei der Probenvorbereitung, eine kürzere Durchlaufzeit bei der DNA-Markierung und Bildgebung sowie Verbesserungen bei Durchsatz und Qualitätsmetriken bieten. Die neuen Versionen der Probenvorbereitungskits, der Chips und der Gerätesoftware von Bionano gehen auf das Feedback von Kunden ein und können die Leistung bei routinemäßigen Genomanalyse-Anwendungen mit höherem Volumen verbessern. Die Probenvorbereitungskits von Bionano dienen der Extraktion und Markierung von DNA mit ultrahohem Molekulargewicht (UHMW) für die Verwendung auf dem Saphyr-System.

Diese Kits sind für die Durchführung von Bionano OGM-Anwendungen mit einer Vielzahl von Probentypen optimiert. Die Kits der Generation 2 werden Blutproben, Zelllinien und Knochenmarkaspirate unterstützen. Versionen für Gewebe- und Tumorproben werden später im Jahr 2023 erwartet. Die Kits Bionano Prep SP-G2 (SP-G2) und Bionano Prep Direct Label and Stain (DLS-G2) wurden ebenfalls von 10 auf 12 Reaktionen vergrößert, ein Upgrade, das besser zu den Chip-Verbrauchsmaterialien des Unternehmens passt.

Das SP-G2 Kit verbessert die Isolierung von UHMW-DNA und ermöglicht höhere Erfolgsquoten bei der Probenvorbereitung, weniger Benutzerfehler und mehr generierte Daten pro Lauf. Eine der wichtigsten Verbesserungen bei der Probenvorbereitung ist die Möglichkeit, DNA von höherer Qualität zu isolieren, insbesondere bei marginalen Proben. Das neue Protokoll kann auch Zeit- und Prozessbeschränkungen beseitigen, indem es den Lyse-Schritt benutzerfreundlicher macht und besser für Läufe mit verschiedenen Probentypen optimiert, so dass die Benutzer bis zu sechs Proben gleichzeitig bearbeiten können.

Diese Verbesserungen in der Chemie können letztlich zu einem höheren DNA-Durchsatz führen, so dass mehr Daten pro Probenlauf generiert werden. Darüber hinaus unterstützt ein Derivat des SP-G2 Kits die automatisierte UHMW-DNA-Isolierung mit Long String Vantage von Hamilton. Mit dem DLS-G2-Kit von Bionano kann die Markierung in nur fünf Stunden abgeschlossen werden, so dass die markierte DNA noch am selben Tag auf das Saphyr-Gerät geladen werden kann.

Durch diese verbesserte Chemie kann die Durchlaufzeit (oder die Zeit von der Probe bis zur Antwort) insgesamt verkürzt werden, und es ist möglich, in nur drei Tagen Antworten mit großer Tiefe für Krebsproben zu erhalten. Bionano hat die Stabilität der Reagenzien für das DLS-G2-Kit von neun Monaten auf ein Jahr erhöht, um mit dem SP-G2-Kit übereinzustimmen, was zu weniger Reagenzienverschwendung und mehr Nutzen über einen längeren Zeitraum führen kann. Der Saphyr Chip G3.3, eine neue Version der Instrumentensteuerungssoftware (ICS v5.3) und eine neue Version von Bionano Access (v.1.7.2) ermöglichen einen verbesserten Durchsatz und höhere Erfolgsquoten, wenn zwei Saphyr Chips parallel geladen werden, wodurch drei bis sechs Proben mehr pro Arbeitswoche bearbeitet werden können.

Diese Durchsatzverbesserungen resultieren aus einer geringeren Probenverdampfung und erhöhen die Zuverlässigkeit der Probenbeladung und der Leistung des Saphyr-Instruments. Ein höherer Durchsatz führt auch zu einer besseren Ausbeute beim ersten Durchlauf und kann das Risiko einer Probenverarmung bei der Arbeit mit komplexen Proben mit längerer Scanzeit, wie z.B. in der Krebsforschung oder bei der Zellbiologie, ausschließen. Die Unterstützung von ICS v5.3 für den Saphyr Chip G3.3 verbessert die Konsistenz des Durchsatzes bei verschiedenen Läufen sowie die Robustheit des Alignments.