Twist Bioscience Corporation und Biotia, Inc. haben von der U.S. Food and Drug Administration (FDA) eine erweiterte Notfallzulassung (Emergency Use Authorization, EUA) für den SARS-CoV-2 Next-Generation Sequencing (NGS) Assay zum qualitativen Nachweis, zur Identifizierung und Differenzierung von SARS-CoV-2 Linien und zur Identifizierung spezifischer genomischer Mutationen erhalten. Der Assay wurde 2020 entwickelt, und diese erweiterte Zulassung baut auf der ersten EUA auf, die im März 2021 für den qualitativen Nachweis des SARS-CoV-2-Virus erteilt wurde. Der Hybridisierungs-Capture-basierte SARS-CoV-2 NGS-Assay ist in der Lage, die gesamte virale RNA-Sequenz zu analysieren und das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Virus zu bestimmen.

Mit der erweiterten Zulassung ist nun die Meldung der identifizierten und differenzierten genetischen Mutationen von SARS-CoV-2 und der Viruslinien (z.B. Delta, Omicron) an die Ärzte erlaubt, was ihnen helfen kann, bei klinischer Indikation eine angemessene klinische Behandlung auf der Grundlage der spezifischen Viruslinie einzuleiten. Die Genehmigung ermöglicht auch die Meldung einzelner Mutationen in Patientenproben, Informationen, die wichtig sind, um die Entwicklung des Virus und das Auftreten neuer Varianten zu verfolgen. Der auf Hybridisierung basierende Ansatz dieses Assays maximiert die Anzahl der genetischen Varianten und Mutationen, die identifiziert werden können, während andere Sequenzierungsmethoden Mutationen in bestimmten Regionen übersehen können.

Neue Mutationen im SARS-CoV-2-Virus häufen sich weiterhin an und zirkulieren auf der ganzen Welt. Dabei entstehen bedenkliche genetische Varianten, die die Übertragbarkeit oder die Wirksamkeit des Impfstoffs verändern können, darunter die jüngsten Omicron-Varianten (BA.2.12.1, BA.4 und BA.5). Das Virus wird sich weiter entwickeln, und das Unternehmen geht davon aus, dass dieser Capture-basierte Assay ein wichtiges neues Instrument für die Identifizierung, Sequenzierung und Überwachung des Virus sein wird. Mit dieser erweiterten EUA geht das Unternehmen davon aus, dass diese Daten nun zum ersten Mal eine angemessene Behandlung von COVID-19 ermöglichen.

Der Assay nutzt die einzigartige Fähigkeit von Twist Bioscience, durch DNA-Synthese schnell virusspezifische Panels zu entwickeln, sowie die umfassende Datenanalysesoftware und Berichtsfunktionen von Biotia. Der SARS-CoV-2 NGS-Assay wurde auf einem NextSeq® 550 Sequenziersystem validiert. Da der Assay die vollständigen Sequenzdaten analysiert, verringert der Test die Wahrscheinlichkeit eines falsch-negativen Ergebnisses.

Im Gegensatz dazu identifizieren die meisten SARS-CoV-2-Tests, die auf der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) basieren, nur begrenzte genetische Marker des Virus. In einem separaten Bericht, der Klinikern zur fachlichen Interpretation zur Verfügung steht und der bisher nur für Forschungszwecke bestimmt war, nun aber im Rahmen der erweiterten EUA zugelassen ist, wird die vollständige Sequenz des Virus identifiziert, und es werden Mutationen und Variantenunterscheidungen angegeben. Die erweiterte EUA kommt zu einem wichtigen Zeitpunkt während der Pandemie, da das Unternehmen Anzeichen für das Scheitern von spezifischen monoklonalen Antikörpertherapien gegen Omicron-Varianten sieht.

Die Identifizierung von Varianten in Verbindung mit der Krankengeschichte und anderen diagnostischen Befunden kann nun bei der Auswahl geeigneter Therapeutika helfen.