Der Nikkei stieg bis zur Mittagspause um 2,3% auf 35.464,61, nachdem er zuvor um mehr als 2% gefallen war.
Der breiter gefasste Topix stieg um 3,3% auf 2.514,52.
Die Bewegungen folgen auf einen Sprung von 10% beim Nikkei am Dienstag, dem drittgrößten prozentualen Zuwachs an einem Tag, als der Index die meisten seiner Verluste vom 12%igen Einbruch am Montag wieder aufholte.
Der zweistellige Einbruch war der größte Tagesverlust seit dem Schwarzen Montag 1987.
Befürchtungen über die Risiken einer US-Rezession und die Auflösung von Investitionen, die durch einen billigen Yen finanziert wurden, lösten Stress am Markt aus, und eine hawkishe Wende der Bank of Japan (BOJ) in der vergangenen Woche ließ die Frage aufkommen, wie schnell die Zentralbank ihre Geldpolitik straffen würde.
Der stellvertretende Gouverneur der BOJ, Shinichi Uchida, ging am Mittwoch auf diese Sorgen ein und sagte, dass die BOJ die Zinsen nicht anheben wird, wenn die Finanzmärkte instabil sind.
"Angesichts der starken Volatilität an den in- und ausländischen Finanzmärkten ist es notwendig, das derzeitige Niveau der geldpolitischen Lockerung vorerst beizubehalten", sagte Uchida in einer Rede vor Wirtschaftsführern in der nordjapanischen Stadt Hakodate.
Während der Yen nach seinem Siebenmonatshoch zu Wochenbeginn am Dienstag wieder an Wert gewonnen hatte, gab er nach Uchidas Äußerungen gegenüber dem Dollar nach.
"Seine Äußerungen haben sich zu einem Auslöser für eine Verlangsamung der Auflösung des Carry Trades im Yen entwickelt", sagte Kentaro Hayashi, Senior Strategist bei Daiwa Securities.
Die Bewegungen des Nikkei werden nicht direkt durch den Yen-Carry-Trade beeinflusst, aber ein steigender oder volatiler Yen wirkt sich auf die Unternehmensgewinne aus und beeinflusst die Entscheidungen japanischer Privatanleger und institutioneller Investoren über die Allokation in ihren Heimatmärkten.
Der Markt erholte sich nach den Äußerungen von Uchida, wobei der Nikkei bis zu 3% zulegte und damit die Verluste nach dem Einbruch am Montag weiter verringerte.
Kommentare von Vertretern der US-Notenbank in dieser Woche und weitere Wirtschaftsdaten haben ebenfalls einige Sorgen über einen Abschwung in den Vereinigten Staaten besänftigt, aber die Marktteilnehmer behalten die Entwicklungen aufmerksam im Auge.
Die größte Sorge an den Märkten wird sein, ob die Ängste vor einer US-Rezession nachlassen werden", so die Analysten von Morgan Stanley MUFG in einer Mitteilung an ihre Kunden, "so dass sie vorerst sehr empfindlich auf Inflations- und Arbeitsmarktdaten reagieren.
Auf längere Sicht wird viel davon abhängen, ob die BOJ den positiven Inflationszyklus weiterlaufen lässt, sagte Chi Lo, Senior Market Strategist, Asia Pacific, bei BNP Paribas Asset Management.
"Wenn die BOJ trotz der Normalisierung der Politik akkommodierend bleibt, dürften die längerfristigen Aussichten für die japanischen Aktienmärkte günstig bleiben.
Unter den Einzelwerten waren die größten prozentualen Gewinner im Nikkei Disco Corp mit einem Plus von 13,61%, gefolgt von Mitsubishi Heavy Industries mit einem Plus von 12,58% und Canon Inc mit einem Plus von 10,8%.
Die Schwergewichte SoftBank Group und Tokyo Electron legten um 6,2% bzw. 3,1% zu und verliehen dem Index damit den größten Auftrieb. (Berichte von Brigid Riley und Junko Fujita; Bearbeitung durch Sonali Paul)