Lockheed Martin und wichtige Zulieferer haben die Jets im Rahmen eines Programms namens Technology Refresh 3 - oder TR-3 - aufgerüstet, das darauf abzielt, Displays und Rechenleistung zu verbessern.
"Wir beginnen mit der Annahme von TR-3-Lieferungen... Es ist eine verkürzte Version... und hat nicht alle Funktionen, die wir wollen, aber sie ist weit genug fortgeschritten, dass wir jetzt Lieferungen annehmen können", sagte Luftwaffenminister Frank Kendall.
TR-3 beinhaltet sowohl Hardware- als auch Software-Verbesserungen und wird als eine Säule eines umfassenderen Upgrades des Tarnkappenflugzeugs, bekannt als Block 4, angesehen.
"Die Hardware scheint gut voranzukommen, aber die Software hinkt hinterher", sagte Kendall vor Reportern auf dem Royal International Air Tattoo in Großbritannien.
"Wir sind jetzt an einem Punkt angelangt, an dem wir Flugzeuge akzeptieren können, wenn wir wissen, dass zusätzliche Software-Inkremente nötig sind, um sie auf den Stand zu bringen, den wir brauchen.
Andrew Hunter, stellvertretender Luftwaffensekretär für Beschaffung, Technologie und Logistik, sagte, die Entscheidung, die Auslieferungen ohne das vollständige Software-Upgrade wieder aufzunehmen, sei zum Teil getroffen worden, um Verzögerungen bei anderen Funktionen zu vermeiden.
"Das Warten und Warten und Warten auf die Fertigstellung der Fähigkeiten, die noch nicht ganz fertig waren, verzögert den Fortschritt bei einigen der späteren Fähigkeiten, die wir ebenfalls dringend benötigen", sagte er.
Hunter bestätigte, dass das Pentagon weiterhin einige Abschlusszahlungen für jeden Jet zurückhalten wird, nannte aber nicht den Betrag.
Bislang wurden etwa 7 Millionen Dollar der Abschlusszahlung für jeden Jet im Wert von etwa 100 Millionen Dollar zurückgehalten.
"Nicht alles, was wir vertraglich vereinbart haben, wurde geliefert... Wir werden nicht für das bezahlen, was wir nicht erhalten haben", sagte Hunter.
Er fügte jedoch hinzu, dass das Gedränge um die Fertigstellung von TR-3 dazu beigetragen hat, die Zusammenarbeit zwischen den Unternehmen beim größten Verteidigungsprogramm der Welt zu verbessern.
"Wir werden sehr hart arbeiten, um sicherzustellen, dass der Prozess des Abbaus dieser Barrieren weitergeht, damit Block 4 fertiggestellt wird, wenn wir ihn brauchen", sagte er. (Bericht von Tim Hepher, Bearbeitung: Alexandra Hudson)