Der Blue-Chip-Index NSE Nifty 50 fiel um 0349 GMT um 1,43% auf 17.284,75, während der Benchmark-Index S&P BSE Sensex um 1,45% auf 57.944,50 fiel.
Wissenschaftler sagten, dass die neu identifizierte Variante in der Lage sein könnte, Immunreaktionen zu umgehen, was die Besorgnis über COVID-19-Ausbrüche und neue Beschränkungen weckte.
Auch die asiatischen Märkte verzeichneten nach dieser Nachricht den stärksten Rückgang seit zwei Monaten.
Am stärksten betroffen waren im frühen Handel in Mumbai die Automobil-, Banken- und Energieaktien, deren Teilindizes zwischen 1,5 % und 1,7 % nachgaben.
Der Nifty Pharma Index war der einzige Teilindex, der sich dem Trend widersetzte und 0,4 % höher notierte.